Der Ursprung der Kirche geht auf eine Bulle von Papst Eugen IV. von 1444 zurück, die Anima zur Seelsorge für die deutschen Pilger und Bewohner der Ewigen Stadt bestimmt. 1500 wurde der Grundstein der heutigen Kirche gelegt, 1525 war der Bau vollendet.
In der Kirche haben bedeutende italienische Architekten und Künstler gewirkt. Giulio Romano (1459 – 1525) schuf das Hauptaltarbild, das die Heilige Familie darstellt. Von Carlo Saraceni (1557 – 1615) stammt das Gemälde mit dem hl. Benno. Andrea Catucci gen. Sansovino (1460 – 1529) entwarf die Fassade der Renaissancekirche. Lorenzo di Ludovico di Campanaio gen. Lorenzetto erschuf die Pietà-Kappelle.
So beherbergt die Anima neben dem Presbyterium das Grabmal des vorletzten deutschen Papstes, Hadrian VI. (1459 – 1523). Die Benno-Kapelle ist dem heiligen Bischof von Meißen und späterer Patron Münchens gewidmet. Sie wurde vom Bankdirektor der Familie Fugger, Johannes Lambacher (1557 – 1620), gestiftet.
Die Fuggers haben kräftig die Kirche unterstützt. Jakob II. Fugger (1459 – 1525) stiftete das schon erwähnte Altarbild von Giulio Romano und auch die Markus kappelle, in der sein Onkel Markus (+ 1448) sein Grab fand.
Kardinal Johann Albrecht von Brandenburg, Fürstbischof von Mainz und Magdeburg (1490 – 1545) stiftete die sog. Markgrafen-, Kreuz- oder Centurio-Kapelle, die vom florentinischen Maler Francesco di Rossi (1510 – 1563) gestaltet wurde.
Im 19ten Jahrhundert wurde die Anima vom Österreichischen Kaiserhaus unterstützt. In den Restaurierungen von 1843 und 1874/5 wurden deshalb an diversen Stellen, vor allem über die Altäre und an der prunkvollen Decke die Wappen der Habsburger hinzugefügt. Ebenso fand der Kunststil der Nazarener Eingang, vor allem durch die Glasfenster und diverse Gemälde von Heiligen.
Am 13. Januar wurde ein Festgottesdienst mit Kardinal Paul Josef Cordes zum Abschluß der Restaurierung gefeiert.