Eine der bekannten Geschichten über Pater Pio, die Gott, Zeit und das Gebet für Verstorbene betrifft, zeigt uns, das Pater Pio verstand dass Gott außerhalb der Zeit steht und dass Gebete für Verstorbene gehört werden. Oft sagte er, dass man für Verstorbene beten soll, selbst wenn sie schon viele Jahre tot sind, da Gott, als Herr der Zeit, solche Gebete zu jedem Zeitpunkt ihres Lebens anwenden kann. Eines Tages kam eine Frau zu Pater Pio und fragte ihn, ob es Sinn habe, für ihren verstorbenen Großvater zu beten, obwohl er viele Jahre zuvor verstorben war und in seinem Leben nicht besonders gläubig gewesen sei. Er antwortete ihr: „Gott ist der Herr der Zeit, bei Ihm gibt es keine Zeit, wie wir sie kennen. Beten Sie für Ihren Großvater, und Gott kann Ihre Gebete anwenden, als wäre er noch am Ende seines Lebens.“ Diese Worte erstaunten die Frau sehr. Aber Pater Pio erklärte, dass Gott die Gebete in der Ewigkeit hört und sie für den Verstorbenen schon zu dessen Lebzeiten anwenden kann, auch in seinen letzten Augenblicken. Die Frau begann für ihren Großvater zu beten und vertraute darauf dass ihre Gebete ihm auf seinem Weg zu Gott helfen würden. Padre Pio war überzeugt, dass durch das Gebet für die Verstorbenen Gottes Barmherzigkeit in die Vergangenheit wirken kann, da für Gott alle Zeiten gegenwärtig sind. Dieses Gebet für Verstorbene erinnert uns an die Tradition von Allerseelen, wo wir Gläubigen im Gedenken an die Verstorbenen und deren Seelen für ihren Frieden beten und die Heilige Messe für sie zelebriert wird. Am 2. November betet die Kirche für die Seelen im Fegefeuer, damit diese die Vereinigung mit Gott und den ewigen Frieden erhalten, und in den Himmel kommen können. Unser Gebet für die Verstorbenen ist sinnvoll und wird von Gott gehört und erhört. Er wünscht in Seiner allumfassenden Liebe und Barmherzigkeit das Heil jedes Menschen, über Zeit und Tod hinaus.